О попарных расстояниях и проблеме медианы в биоинформатике

В докладе рассмотрены комбинаторные задачи биоинформатики, решение которых важно для понимая эволюционного процесса развития. Проанализирована связь попарного генетического расстояния и проблемы медианы трех геномов с использованием метрики DCJ. Продемонстрирован особый тип эволюционных изменений, называемый сильной генетической перестановкой, использование которых при анализе может ускорить работу программ, которые занимаются поиском медианных геномов. Показана не столь сильная, как раньше предполагалось, зависимость между попарными расстояниями и проблемой медианы, а также доказана невозможность представления верхней границы значения медианы, как суммы нижней границы и какой-либо константы.

Доклад по материалам статьи Sergey Aganezov, Jr. and Max A. Alekseyev "On pairwise distances and median score of three genomes under DCJ". Proceedings of the 10th Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG), 2012.

Страница лекции на сайте Computer Science клуба